“呢”和“吗”在现代汉语疑问句中的用法有以下区别：

句末用法

吗：主要用于是非问句的句末，表示对某件事情的疑问或询问。例如：“他能原谅我吗？”。

呢：也可以用于疑问句的句末，但更多用于特指问、选择问和正反问，同时也可以用于陈述句的句末，表示确认事实或使对方信服。例如：“你在哪里呢？”。

句中用法

吗：一般不用在句中，但可以在句中停顿处点出话题。例如：“这件事，其实也不能怪他。”。

呢：可以出现在句中，主要表示停顿，用于特指问、选择问、正反问等。例如：“谁不知道她难侍候呢？”。

语气和成句作用

吗：作为语气词，有语气意义，同时也有成句的作用。例如：“准备好了吗？”（缺了“吗”就变成陈述句了）。

呢：虽然也可以表示疑问语气，但更多是用于强调前面的内容或表示深究的语气，没有成句的作用。例如：“现在呢，基本上已经没有希望了。”。

选择问句

吗：不用于选择问句。例如：“是我去看你呢，还是你来看我呢？”。

呢：可以用于选择问句。例如：“是我去看你呢，还是你来看我呢？”。

总结：

“吗”主要用于是非问句的句末，有语气意义和成句作用，一般不用在句中。

“呢”可以用于疑问句（包括特指问、选择问、正反问）的句末和句中，主要表示停顿，没有成句作用，但可以用于强调前面的内容或表示深究的语气。

建议在需要明确区分疑问句类型和语气的语境下，选择合适的助词以准确表达意思。