自主招生考试存在以下弊端：

公平性问题

自主招生可能为某些人提供“后门”，在现有行政管理体制不甚完善的状态下，容易滋生腐败现象。

信息不对称：一些学生可能由于家庭背景、地域等因素，无法及时获取准确的招生信息，导致在报名和考试过程中处于劣势。

高校在自主招生过程中可能会对本校附属中学或合作中学的学生有一定的倾斜，造成不公平。

实际效果与期望的偏差

自主招生考试与99.9%以上的考生没有直接关系，较大规模自主招生联盟的出现使得自主招生笔试更像另一次高考。

自主招生还存在着一个更大的问题，就是其过程的公平性，有批评者指出，所有自主招生考试都有有形的和无形的门槛。

时间和精力浪费

准备自主招生的过程耗费大量时间和精力，学生需要花费大量时间准备报名材料，如撰写个人陈述、推荐信，整理获奖证书、学术论文等。

在准备自主招生的过程中，学生需要投入大量的时间和精力进行复习和备考，这可能会影响到正常的课堂学习和学校考试。

人为因素干扰

自主招生的面试环节主观性较强，可能会受到面试官个人喜好、偏见等因素的影响，导致一些优秀的学生无法获得录取机会。

过去曾出现过一些不良现象，如材料造假、权力寻租等，这也影响了自主招生的公平性和公信力。

专业选择受限

有些高校在自主招生中会对学生的专业选择进行限制，要求学生必须进入特定的专业或专业方向学习。如果学生对这些专业不感兴趣或不擅长，可能会影响他们的学习积极性和未来的发展。

培养模式差异

自主招生可能会打乱学生的复习计划，导致他们在高考前过于浮躁，不利于最后的冲刺。

如果学生在自主招生中未能成功，可能会对他们的心理和情绪产生负面影响，甚至影响他们在高考中的表现。

流程复杂，准备和规划要求高

自主招生的流程较为复杂，学生需要提前准备和规划。这包括准备各种报名材料、参加考试、等待录取结果等，这些过程可能会占用学生大量的时间和精力，影响他们的正常学习和生活。

诚信问题

自主招生中存在材料造假的现象，一些学生为了获得录取机会，可能会通过不正当手段来提升自己的材料，这不仅损害了教育公平，也影响了自主招生的公信力。

综上所述，自主招生考试虽然具有一定的优势，如能够选拔出具有特殊才能的学生，但也存在诸多弊端，主要体现在公平性、信息不对称、时间和精力浪费、人为因素干扰、专业选择受限、培养模式差异、流程复杂和诚信问题等方面。