是的，《最好的我们》的大结局中，余淮和耿耿最终在一起了。在剧情的最后，余淮在耿耿最需要他的时候出现，并且两人都选择了重新开始他们的生活。耿耿在余淮离开后，一直记得他们的约定，并在多年后再次相遇，最终两人重归于好，并一起面对未来的挑战。

尽管有些信息来源提到了一些关于余淮和耿耿没有在一起的说法，但这些说法的权威性和可信度较低，且与大多数来源的信息相矛盾。因此，可以确定余淮和耿耿在电视剧《最好的我们》中最终是在一起的。