在《汤姆·索亚历险记》中，有几个地方可能会引起读者的疑问：

汤姆和贝琪在山洞里的经历：

他们在山洞里迷路了整整三天三夜，面临着死亡的威胁。虽然他们最终被找到了，但是他们在山洞里的具体经历和所遇到的情况仍然有些模糊，比如他们是如何找到出路，以及他们是否真的看到了杀人犯印江·乔埃。

汤姆和哈克的正义感：

汤姆和哈克目睹了印江·乔埃杀害医生鲁宾逊并嫁祸给彼得，但他们却选择保持沉默。这种正义感和沉默的选择让读者感到困惑，他们为什么要这样做？他们的行为是否明智。

汤姆和哈克的冒险行为：

汤姆和哈克在一系列冒险中表现出了极大的勇气和冒险精神，但这些行为有时显得非常愚蠢和危险。这引发了读者对于什么是真正的勇气和冒险精神的思考。

社会对于犯罪行为的态度：

在故事中，汤姆和哈克被指责偷了某些东西，但实际上他们是借用了它们。这引发了读者对于无意识犯罪和道德责任的思考。

宗教在人们生活中的角色：

书中的角色经常讨论天堂和地狱，以及人们如何通过做好事来上天堂。这引发了读者对于宗教在人们生活中扮演的角色的思考。

书中的一些细节：

有些细节可能会让读者感到困惑，例如，那个西班牙人是否真的是聋的？医生是否真的是波特杀的？印第安·乔是否真的被抓住了？他最后是被饿死的吗？汤姆和哈克找到金子了吗？这些问题虽然不影响故事的大致情节，但却会让读者对故事的真实性产生疑问。

汤姆当海盗的原因：

汤姆决定去当海盗，这个决定背后的原因和动机是什么？他是否真的想离开家乡，还是只是为了逃避现实中的某些问题？。

这些疑问和困惑可以激发读者更深入地阅读这本书，去探索作者马克·吐温通过汤姆·索亚这个艺术形象想要传达的深刻含义和批判。