岩石按其成因分为三大类，正确答案是：

D. 岩浆岩、沉积岩、变质岩。

解析：

岩浆岩

由地球内部岩浆冷却凝固形成，包括侵入岩（如花岗岩）和喷出岩（如玄武岩）。

沉积岩

通过风化、侵蚀、搬运和沉积作用形成，如砂岩、石灰岩等。

变质岩

在高温高压环境下，原有岩石发生物理或化学变化形成，如大理岩。

错误选项分析：

A选项（花岗岩、岩浆岩、大理岩）：花岗岩和岩浆岩属于同一类（岩浆岩），分类重复。- B选项（喷出岩、沉积）：不完整，缺少变质岩，且喷出岩属于岩浆岩的子类。综上，D选项为唯一正确答案。