清朝的科举考试主要由以下机构参加：

礼部：

礼部是清朝中央行政机构之一，负责全国学校事务、科举考试及藩属和外国之往来事。科举考试的具体组织和管理由礼部官员负责，包括会试和殿试的举办。

国子监：

国子监是清朝设在京师的官学，亦称太学，是肄业人员的统称。国子监生可以参加科举考试，并且有资格成为贡士。

各省官学：

包括府学、州学、县学等，这些学校是地方教育的重要组成部分，学生通过考试合格后成为生员，俗称秀才。

私塾、社学、义学：

这些是私人或地方社会创办的教育机构，学生称为童生。经过考试合格后，童生可以进入府学、州学、县学等国家出资设立的官学，成为生员。

贡院：

贡院是科举考试的考场，负责存放考生档案和试卷。在清朝，贡院由各省、市、县自行设立，每个地方都有自己独特的贡院。

皇帝：

殿试由皇帝亲自主持，试题一般由读卷官密拟或皇帝亲自拟定，考生必须当日完成。

综上所述，清朝的科举考试涉及礼部、国子监、各省官学、私塾、社学、义学以及贡院等多个机构和皇帝本人。这些机构和人员在科举考试中各司其职，共同维护了科举制度的正常运作。